Pada mulanya SMP Negeri 13 Malang merupakan sekolah filial SMPN 1 malang pada tahun 1983 dengan tujuan sebagai sekolah yang menampung sebagian siswa SMPN 1 Malang yang melebihi target jumlah kelas yang disediakan. Seluruh Guru dan Staf Akademika SMP Negeri  13 Malang mulanya juga berasal dari SMPN 1 Malang, sedangkan yang menjabat sebagi kepala sekolah pada waktu itu adalah Bapak Drs. Suwandi dengan PLH (Pelaksana Harian) Ibu Dra. Toeti Antasy. Sekolah filial ini bertempat di SDN 7 Dinoyo Malang dengan jumlah kelas sebanyak 2 ruang untuk kelas 1. Atas usulan dari beberapa guru, akhir tahun 1984 SMP Negeri 13 Malang pindah dan menempati SMPS di jalan Veteran yang sekarang ditemapati SMKN 2 Malang.

Seiring dengan perkembangan jumlah siswa yang semakin pesat dan atas prakarsa dari berbagai pihak, pada tahun 1985 mulai melaksanakan pembangunan gedung sekolah di jalan Sunan Ampel II Kota Malang. Akhirnya pada tahun 1985 SMP Negeri 13 Filial SMPN 1 Malang diresmikan menjadi SMP Negeri 13 Malang, dengan jumlah murid sebanyak 120, jumlah kelas sebanyak 6 kelas dan tenaga pengajar sebanyak 10 orang.  Sejak dibangunnya gedung sekolah yang baru, SMP Negeri 13 Malang mengalami kemajuan jumlah siswa yang sangat pesat.

Sejak dikepalai Drs. H. Muhammad Nurfakih, M.Ag tahun 2005 banyak kemajuan yang diraih. Hal tersebut ditandai dengan semakin meningkatnya tenaga profesional, prestasi siswa dalam berbagai ajang perlombaan, serta dalam bidang kedisiplinan. Dengan berbagai prestasi yang didapat, menjadikan SMP Negeri 13 terakreditasi A dan salah satu sekolah pada tahun 2007 yang mendapat status SSN (Standar Sekolah Nasional) di Kota Malang dan diharapkan selanjutnya berstatus SBI (Sekolah Bertaraf Internasional).

Adapun Kepala Sekolah yang bertugas di SMP Negeri 13 Malang adalah sebagai berikut:

NO. NAMA KEPALA SEKOLAH MASA KERJA
1. Dra. Tutie Antasi 1983 – 1986
2. Sedijono 1988 – 1991
3. Wulan Tjahjani 1991 – 1995
4. Dra. Hj. Roesmani 1995 – 1998
5. Drs. Yuwono Patwiyanto, M.Pd 1998 – 2002
6. Dra. Asmiaty 2002 – 2005
7. Drs. H. Muhammad Nurfakih, M.Ag 2005 – 2011
8. Drs. Hari Subagiyo, M.Pd 2011-sekarang